L' Autoimmunità è il fenomeno alla base delle cosiddette malattie autoimmuni.  A causa di anomalie il sistema immunitario scatena delle reazioni contro alcuni dei propri componenti. In questo senso, gli esami di laboratorio utilizzati per diagnosticare le malattie autoimmuni sono relativi alla patologia sospettata. 

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• Anticorpi anti-acido glutammico decarbossilasi GAD 

• Anticorpi anti-cellule parietali 

• Anticorpi anti-centromero

• Anticorpi anti-citoplasma ANCA

• Anticorpi anti-citrullina CCP

• Anticorpi anti-DNA nativo dsDNA

• Anticorpi anti-insulina IAA

• Anticorpi anti-microsomiali

• Anticorpi anti-mitocondrio AMA

• Anticorpi anti-muscolo liscio ASMA

• Anticorpi anti-muscolo striato

• Anticorpi anti-nucleo ANA

• Anticorpi anti-recettore TSH

• Anticorpi anti-surrene

• Anticorpi anti-tireoglobulina ATG

• Anticorpi anti-tireoperossidasi ATPO

• Anticorpi anti-tirosina fosfatasi IA2